تواجه منطقة الأمازون، تهديدات أكثر خطورة من التعدي على زراعة المحاصيل والماشية والتعدين والمهن البرية وقطع الأشجار.حيث تعد إزالة الغابات لأغراض الزراعة أحد أخطر التهديدات التي تواجه الغابات المطيرة، وقال مدير برنامج زراعة الغابات في بيرو، خوسيه لويس كابيلا: "السبب الرئيسي لإزالة الغابات هو الحدود الزراعية المتقدمة"، حيث يغطي حوض الأمازون 13% منه. ممارسات غير قانونية قال مدير مؤسسة Fundacion Ecociencia في كيتو كارمن: "الزراعة أحد العوامل الرئيسية في تقلص الغابات المطيرة". ومن الممارسات الشائعة في البرازيل وبيرو والإكوادور وبوليفيا أن يقوم المزارعون بإشعال الحرائق في موسم الجفاف لإزالة النقص في المناطق التي أزيلت منها الغابات. ومع ذلك، يؤدي هذا غالبا إلى احتراق غير متحكم به، مما يؤدي إلى خسائر أكبر في غابة المطر.

وتسببت عمليات التعدين غير القانونية التي تجري في معظم بلدان منطقة حوض الأمازون بأضرار كبيرة، يضاعفها استخدام المواد الكيميائية مثل الزئبق - خاصة في تعدين الذهب - الذي تسبب في تلوث التربة والجداول. وقالت رئيس المنظمة البيئية الفنزويلية فيتاليس سيسيليا جوميز ميلياني: "التعدين أخطر بكثير من الحرائق". وقال جوس، إن الشيء الأكثر إثارة للقلق بشأن التعدين هو أنه يسبب "إزالة دائمة للغابات" من خلال تدمير عدة طبقات من التربة، ومنع نمو التجدد. كما ساهم عدم وجود الدولة في العديد من المناطق النائية والريفية في تنامي ممارسة الاحتلال غير القانوني للأراضي، حيث يستقر المزارعون الذين لا يملكون أرضا على الأرض على أمل الحصول على سند قانوني في مرحلة ما.