وتعتمد الهيئة العامة للغذاء والدواء على نظام رقابة متطور، أسهم في تسهيل الإجراءات وزيادة فعالية الرقابة على الغذاء المستورد في المنافذ الحدودية، إذ لا تُفسح أي إرسالية إلا عن طريق الأنظمة الالكترونية، ما يسهّل الحصول على معلومات عن المنتجات ومستورديها وتتبعها بسرعة في حال وجود استدعاء أو مشكلات تخص سلامة المستهلك، كما أن النظام الالكتروني للقوائم المحظورة يؤدي دوراً مهماً في إحكام الرقابة على الغذاء المستورد أيضاً.
ويخوّل "نظام الغذاء" الهيئة إصدار اللوائح الفنية والمواصفات القياسية للغذاء، ويربط فسح الغذاء المستورد بموافقتها وفقاً للشروط والمتطلبات والإجراءات التي تقرها.
ويدقق مفتشو الهيئة العامة للغذاء والدواء، على الشهادات والمستندات المرافقة للإرسالية ويطابقونها مع جميع الأصناف الواردة، ويتم التفتيش على حاويات الإرسالية وإجراء الفحص الفيزيائي للتأكد
من مطابقة الأصناف الغذائية للوائح الفنية والمواصفات القياسية، ومن وجود جميع البيانات الإيضاحية التي تتطلبها اللوائح الفنية والمواصفات القياسية على جميع الأصناف الممثلة للإرسالية، إضافة إلى إحالة الأصناف التي يرى المفتش ضرورة إرسالها إلى المختبر لإجراء التحاليل المخبرية.
ويمكن أن تُرفض الإرسالية ولا يُسمح بدخولها إلى أسواق المملكة في أي مرحلة من مراحل التفتيش، كما يتم الإذن بفسح الأصناف التي لا يوجد عليها أي ملاحظات وتحال المعاملة في اليوم ذاته إلى الجمارك لإنهاء إجراءات الفسح.