رسمت وزارة الصحة خطط التشغيل لمدينة الأمير محمد بن عبدالعزيز الطبية لخدمة المناطق الشمالية ومدينة الملك فيصل الطبية لخدمة المناطق الجنوبية، فيما أشركت منسوبي المدينتين في ورشة عمل، تهدف إلى وضع خطط متكاملة للمدينتين عقب إنهاء الأعمال الإنشائية. واشتملت الورشة التي نفذتها إدارة مشاريع المدن الطبية بوزارة الصحة على إعداد قائمة بالأجهزة الطبية وفق أعلى التقنيات، إضافة لمراجعة تصاميم الأقسام الداخلية تفاديا لطلب أي تعديلات لاحقا، والتي قد تتسبب في تأخير العمل في إنشاء المدينتين ما يكلف الوزارة تكاليفا إضافية للتعديلات. وشارك في الورشة عدد من منسوبي المدينتين من مختلف الإدارات الطبية والهندسية والإدارية، بالتشارك مع شركات هندسية وأخرى للاستشارات المعمارية.