بدأت مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية التنسيق مع وزارات "التعليم العالي، التربية والتعليم، الثقافة والإعلام، العمل" لترشيح ممثليها في مجلس أمناء جائزة خادم الحرمين الشريفين للمخترعين والموهوبين الذي سيكون برئاسة رئيس المدينة، وعضوية مندوبين من هذه الجهات، إضافة الى الأمين العام لمؤسسة الملك عبدالعزيز ورجاله للموهبة والإبداع وثلاثة أعضاء من المختصين وعضوين من القطاع الخاص.
وحددت اللائحة المنظمة للجائزة مهام مجلس الأمناء الذي يصدر قرارا من مجلس الوزراء بتشكيله في وضع معايير منح الجائزة وشروطها، وضوابطها، واعتماد مواضيع الترشيح السنوية لكل فئة من فئات الجائزة، واعتماد معايير اختيار الأفراد والمؤسسات والهيئات التي يتم من خلالها الترشيح للجائزة، وتشكيل لجان التحكيم، واعتماد أسماء الفائزين بالجائزة والبت في جميع شؤون الجائزة المالية والتنظيمية، مبينة أن قرارات مجلس الأمناء تؤخذ بالأغلبية.
وأشارت اللائحة إلى منح كل فائز بالجائزة وسام الملك عبدالعزيز وفقا لنظام الأوسمة، وأنه تم تخصيص مليون ريال للجائزة يمنح لعشرة فائزين، كل فائز مائة ألف ريال. ويكون الصرف على الجائزة من خلال البرنامج المخصص لدعم المخترعين السعوديين في ميزانية مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية.
