سجَّل النواب الجنوبيون غياباً تاماً عن حضور أعمال الدورة الثالثة للبرلمان السوداني، إثر إعلان الحكومة إسقاط عضويتهم بعد أن أتت نتيجة الاستفتاء بالانفصال. وثار جدل كبير في الفترة الماضية بين رئاسة البرلمان والنواب الجنوبيين، حيث رأى بعض المسؤولين الحكوميين أن عضوية الجنوبيين تسقط تلقائياً إذا كانت نتيجة الاستفتاء الانفصال حسبما تشير المادة (18) من الدستور الانتقالي، بينما تمسك الجنوبيون بأن عضويتهم تستمر حتى يوليو المقبل موعد إعلان الدولة الجديدة، وفي النهاية عرضت الحكومة على الجنوبيين حضور الجلسات كأعضاء شرف وهو ما قوبل منهم بالرفض.
وفي افتتاح أعمال المجلس حيى الرئيس السوداني عمر البشير نواب الولايات الجنوبية الذين شاركوا في البرلمان خلال الفترة الماضية. وقال إنهم "أثروا وأسهموا في الممارسة الديمقراطية"، معربًا عن أمله في "أن يستفيدوا من التجربة البرلمانية التي عاشوها في البرلمان الاتحادي ونقلها إلى دولتهم الوليدة في الجنوب". وجدد حرص حكومته في الشمال على أن تكون علاقاتها مع دولة الجنوب الجديدة من أميز العلاقات.
من جانبها اعتبرت الحركة الشعبية لتحرير السودان قرار إسقاط عضوية نوابه إنهاءً مبكراً للارتباط بين الشمال والجنوب قبل انتهاء الفترة الانتقالية رغم وجود عدد من القضايا العالقة قيد البحث والتفاوض. وأكد نائب رئيس البرلمان السوداني أتيم قرنق أن النواب الجنوبيين في المجلس الوطني السوداني لم يحضروا الجلسة الافتتاحية لأعمال الدورة الثالثة للبرلمان، معتبراً أن رئيسه ألغى عضويتهم. وقال "لم نحضر الجلسة الافتتاحية للبرلمان لأن رئيسه قال عقب تصويت الجنوبيين السودانيين للانفصال إنهم صاروا أجانب ونوابهم غير مرحب بهم في البرلمان، وهذا الإجراء يشكل خرقاً لاتفاق السلام الشامل".
