واستحدث المستشفى منطقتين للفرز إحداهما في منطقة فرز الأمراض التنفسية حيث تتسع لأربعة أسرة منفصلة، وأربعة مناطق للانتظار حيث يتم فرز الحالات التنفسية والكشف عليها والتعامل معها وتطبيق سياسات وإجراءات مكافحة العدوى داخل المنشأة، والأخرى في منطقة فرز الأمراض غير التنفسية حيث تتسع إلى سرير و 6 مناطق للانتظار، وفي المنطقة ذاتها توجد كوادر صحية طوال 24 ساعة، مؤهلة ومدربة بشكل كاف على آلية الفرز والكشف على الحالات، كما توجد غرفة مخصصة لسحب العينات للمرضى المتواجدين داخل منطقة الفرز التنفسية.